Στην καθιέρωση επιστημονικής γνωμοδότησης ώστε να επιτραπεί και σε άτομα 15 και 16 ετών να κάνουν διόρθωση φύλου προσανατολίζεται το υπουργείο Δικαιοσύνης. Κατά την παρέμβασή του στην επεξεργασία του νομοσχεδίου για ταυτότητα φύλου, ο Στ. Κοντονής επισήμανε ότι η σκέψη του υπουργείου είναι αυτήν την επιστημονική γνωμοδότηση να την δίνει το Νοσοκομείο Παίδων.
Παράλληλα, ο Στ. Κοντονής έδωσε απαντήσεις για σειρά ενστάσεων επί του νομοσχεδίου, ενώ στηλίτευσε με έντονο τρόπο την «περιπτωσιολογία που συνιστά συνωμοσιολογία» που επανήλθε κατά την συζήτηση σχετικά με πιθανή κατάχρηση του νομοσχεδίου από απατεώνες.
Ο Στ. Κοντονής χαρακτήρισε αυτά τα επιχειρήματα περί της αποφυγής στράτευσης, της αποφυγής χρεών, κλπ. ως «εκτός τόπου και χρόνου» μιλώντας για «επιχειρήματα καφενειακού επιπέδου». Ο Στ. Κοντονής τόνισε ότι το νομοσχέδιο διασφαλίσει τα στοιχειώδη ατομικά δικαιώματα των μελών της διεμφυλικής κοινότητας και κάνει καλύτερες τις συνθήκες διαβίωσής τους, αλλά προφανώς δεν λύνει το πρόβλημα του ρατσισμού που δέχονται τα άτομα αυτά.
Ο Στ. Κοντονής σημείωσε ότι η διαφωνία σχετικά με την προϋπόθεση της εξωτερικής εμφάνισης για την έγκριση της διόρθωσης φύλου ακυρώνει στην ουσία το επί χρόνια «δίκαιο και σωστό» επιχείρημα της διεμφυλικής κοινότητας η εξωτερική εμφάνιση του ατόμου να αντιστοιχεί με τα νομιμοποιητικά του έγγραφα, ώστε να μην γίνεται αντικείμενο σχολίων κι επιθέσεων.
Παράλληλα, ο Στ. Κοντονής πρόσθεσε ότι η προϋπόθεση της αγαμίας του ατόμου που θα κάνει διόρθωση φύλου κινείται εντός του ευρωπαϊκού πλαισίου, ενώ προανήγγειλε προσθήκη στο νομοσχέδιο για υποχρέωση του ληξίαρχου να ενημερώνει την εισαγγελία για την διόρθωση φύλου του ατόμου. Ο Στ. Κοντονής εξέφρασε επίσης την στήριξή του στον ρόλο του δικαστή κατά τη διαδικασία υπενθυμίζοντας ότι οι Έλληνες δικαστές «έχουν δώσει δείγματα γραφής» στο συγκεκριμένο ζήτημα.
Ο Στ. Κοντονής δεν απέφυγε την κριτική στην στάση της Ν.Δ. που επιμένει στο επιχείρημα για το συμπαγές της κυβερνητικής πλειοψηφίας ως προς το νομοσχέδιο παρατηρώντας ότι το συγκεκριμένο επιχείρημα «προβάλλεται όταν υπάρχει εσωτερικό πρόβλημα στην Ν.Δ.», ενώ υπενθύμισε και τις έντονες διαφωνίες μεταξύ υπουργών κατά την διάρκεια της συγκυβέρνησης του Αντ. Σαμαρά. Ο Στ. Κοντονής επέκρινε και την στάση του ΚΚΕ σχολιάζοντας ότι δεν μπορεί να χαρακτηρίζεται αντικομμουνισμός κάθε πολιτική κριτική προς το ΚΚΕ, ενώ τόνισε και την δική του στάση στο ζήτημα του αντικομμουνιστικού συνεδρίου στην Εσθονία.
